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收到违章短信但在12123上查不到的原因可能有以下几点。
1、可能因为数据延迟或尚未同步导致查询不到相关信息，此时可以尝试等待一段时间再进行查询，或者刷新网页看看是否有更新。
2、可能因为某些特殊原因，如车辆信息未及时更新到数据库或其他系统问题导致查询不到相关记录，此时可以尝试联系相关部门或机构进行核实。
3、如果短信是虚假信息，也可能导致在平台上查不到，这种情况可以向相关部门举报，避免上当受骗。
收到违章短信但在12123查不到可能有多种原因，建议多方面核实信息后再做处理，如果仍有疑问，可以咨询交警部门或相关机构获取准确答案。